Fujio Miyawaki se graduó por la Universidad de Tokio en 1979 y el doctorado en cirugía cardiovascular por la Universidad de Tokio en 1986, escribiendo la tesis doctoral a la vez que realizaba trabajos clínicos.

Tras año y medio en un programa de becas para postgraduados, trabajó 2 años como cirujano general, de acuerdo con el programa de formacion del Departamento de Cirugía Torácica de la Universidad de Tokio. A partir de entonces, fue adquiriendo experiencia como cirujano cardiovascular en la Universidad de Tokio y en el “Tokyo Women’s Medical College” de 1982 a 1993. Durante ese periodo, fue galardonado con la “British Council Fellowship” y estudió de 1986 a 1988 en el Instituto de Bioingenieria médica y dental de la Universidad de Liverpool (Liverpool, UK). De 1993 a 1999, fue Jefe de Servicio de DEpartamento de Investigación quirúrgica en el “National Cardiovascular Center Research Institute”, Osaka, Japón. Ha ejercido como profesor en la Universidad Tokio Denki desde 1999.

Inventó un nuevo tipo de dispositivo de asistencia ventricular llamado: “Recovery-directed ventricular Assist device” y “Vibratory microinjection system” que facilita la transferencia de los genes entre las células en la producción de animales transgénicos. También ha propuesto la idea del “Scrub Nurse Robot” y ha encabezado su desarrollo. Actualmente, sus intereses en investigación son la robótica médica, la ingeniería embriológica, los corazones artificiales y otros.